Un polimorfisme (q.v.) a un determinat lloc base en una seqüència de codificació, per exemple, a base de 306 en un gen determinat, una persona podria ser heterozygous per A i g: la materna al·lèlica podria tenir una A en aquest lloc, mentre que el patern al·lèlica té un G a aquest lloc. Aquest tipus de polimorfisme és àmplia per tot el genoma i té el gran avantatge de ser detectables sense la necessitat d'electroforesi del gel, que s'obre el camí per a gran escala d'automatització de Genotipat.