Systematický název a číslo, které identifikují enzym v odborné literatuře. Přiděleno Komisí enzymu, číslo EC se skládá ze čtyř čísel oddělených tečkami: první klasifikuje enzymu do jedné z šesti široké skupin: 1. oxidoreduktázy; 2. Transferases; 3. Hydrolases; 4. Lyases; 5. Isomerases; 6. Ligases. Každé skupiny jsou rozděleny do dílčích skupin, každá podskupina do sub-sub-groups a poslední číslo je specifický pro enzym, např, EC 3.1.21.1 je deoxyribonuclease já.