Reaktionsbetingelser - navnlig temperatur, salt koncentrationen og pH - at dikterer Udglødning af enkeltstrenget DNA/RNA, DNA/DNA og RNA/RNA hybrider. Ved høje strenghed, duplexindstillinger udgør kun mellem delområder med perfekt en komplementaritet; lavere strenghed tillader Udglødning mellem delområder med en vis uoverensstemmelse mellem baser.