Rekombination processen, som indsætter en lille DNA molekyle (normalt af homologe rekombination) til en større en. Hvis molekylerne er cirkulær, integration indebærer kun en enkelt overkrydsning; hvis lineær, derefter to overfarter-over er påkrævet. A velkendt eksempel er integrationen af phage λ (lambda) DNA ind i den E. coli genom.