Den specifikke nucleotidsekvensen i DNA, der er anerkendt ved en type II begrænsning liv1975 og inden for hvilket det gør en dobbelt-strenget cut. Begrænsning websteder normalt omfatter fire eller seks basepar, der typisk er palindromiske (konflikten),

fx, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

de to tråde kan skæres enten overfor hinanden, at skabe stumpe ender, eller i en forskudt måde, giver klistret slutter, afhængigt af det enzym, der er involveret.