Η ακολουθία ειδικών νουκλεοτιδίων του DNA που αναγνωρίζεται από ένα endonuclease τύπου ΙΙ περιορισμό και μέσα που καθιστά ένα διπλό-λανθάνον κομμένα. Περιορισμός τοποθεσιών περιλαμβάνει συνήθως τέσσερα ή έξι ζεύγη βάσης που συνήθως είναι palindromic (q.v.), π.χ., 5´GGCC3´

3´CCGG5´

τους δύο κλώνους μπορεί να κοπεί είτε αντίθετη προς το ένα το άλλο, για να δημιουργήσετε αμβλύ άκρα, ή σε μια κλιμάκωση τρόπο, δίνοντας αυτοκόλλητες τελειώνει, ανάλογα με το ένζυμο που συμμετέχει.