A csomópont a talajban vagy más szubsztrátumon, keresztül az élő szervezetek közötti szerves és szervetlen elemek. Az eredmények biológiai bomlásából származó szerves vegyületek, a felszabadulás szervetlen anyagok (mineralizáció) és a szintézis, mikrobiális szövet (immobilizáció) szervetlen anyagok felhasználása.