Senyawa yang membunuh organisme berdasarkan efek biologis tertentu dan bukan sebagai racun kimia yang lebih luas. Jenis khusus termasuk bio-insektisida dan bio-fungisida. Bio-pestisida berbeda dari agen biocontrol yang bio-pestisida adalah pasif agen, sedangkan biocontrol agen aktif, mencari hama akan dimusnahkan. Ada beberapa bahan anti-pest yang sangat menarik, seperti racun Bacillus thuringiensis (Bt), yang secara khusus mengganggu penyerapan makanan dari nyali serangga beberapa tapi tidak berbahaya untuk mamalia. Alasan di balik mengembangkan bio-pestisida adalah bahwa mereka lebih cenderung menjadi biodegradable dan ditujukan untuk unsur-unsur tertentu dari hama metabolisme.