Kondisi reaksi - terutama suhu, concentration(s) garam dan pH - yang menentukan pelunakan dari satu untai DNA DNA, DNA/RNA dan RNA RNA hibrida. Pada keketatan tinggi, dupleks membentuk hanya antara helai dengan sempurna saling melengkapi banding; lebih rendah keketatan memungkinkan pelunakan antara helai dengan beberapa tingkat ketidaksesuaian antara pangkalan.