Un pezzo di DNA che si trova su un cromosoma così vicino ad un gene che il marcatore e il gene sono ereditati insieme. Un marker è così il punto ereditabile identificabile su un cromosoma. Un marcatore può essere una regione espressa del DNA (un gene) o un segmento di DNA con nessuna funzione di codifica conosciuto. Tutto ciò che conta è che il marcatore può essere rilevato e trainato.