Izmaiņas bruto hromosomu, parasti izraisa smagu kaitīgas sekas organisma uzbūve. , Tie bieži vien ir pāri posmā crossing-over mejozes kļūdas dēļ. Hromosomu mutācijas galvenie veidi ir inversijas, pārvietošanu, dzēšanu un dublēšanās.