Proces rekombinacji, który wstawia małe cząsteczki DNA (zwykle przez rekombinacji homologicznej) w jeden większy. Jeżeli cząsteczki są okrągłe, integracji obejmuje tylko jeden crossing-over; jeśli liniowy, następnie dwa przejazdy nad są wymagane. A dobrze znanym przykładem jest integracja fagowej λ (lambda) DNA w E. coli genomu.