Dwa lub więcej odcinków DNA w obrębie jednej cząsteczki, które mają taką samą sekwencję nukleotydów w takiej samej orientacji. Powtarza bezpośrednie mogą być obok siebie albo daleko od siebie, na tę samą cząsteczkę. Na przykład

TATTA...TATTA

ATAAT...ATAAT