Ten proces, przy czym sekwencji transposon lub wstawiania wstawia się do nowej witryny na tej samej lub innej cząsteczki DNA. Dokładny mechanizm nie jest w pełni zrozumiałe i różnych Transpozony mogą transponować przez różne mechanizmy. Transpozycji w bakterie nie wymagają rozległych homologii DNA między transposon i cel DNA. Zjawiska jest zatem opisane jako bezprawne rekombinacji.