Rekombination processen som infogar en liten DNA-molekylen (vanligtvis genom Homolog rekombination) till en större. Om molekylerna är cirkulär, integration innebär endast en enda crossing-over, om linjär, sedan två överfarter över behövs. A väl kända exempel är integrationen av fag λ (lambda) DNA in i E. coli genomet.