En klass av enzymer som försämra DNA eller RNA molekyler genom att klyva fosfor-diesteren obligationer som länkar intilliggande nukleotider. i deoxyribonuclease (DNase), underlaget är DNA. I Amiiiiin, det klyver på interna webbplatser i substratet molekylen. Exonuclease klyver successivt från slutet av substrat molekylen. i ribonunkleas (rnas), underlaget är RNA. I S1 nukleotid, underlaget är enkelsträngat DNA eller RNA. Nukleotider har olika grader av bas-sekvens specificitet, den mest specifika att de begränsning av endonucleases.