Bildades i mitten av 1980-talet av 2 indonesiska präster, blev JI en terroristisk organisation när en av grundarna, Abdullah Sungkar, kom i kontakt med Usama bin Ladin och al-Qaida. JI har sedan spridning att terroristceller i varje land i Sydostasien och i Australien. Viktigaste målet för organisationen är skapandet av en enhetlig sydostasiatiska islamisk stat som de vill sträcka från södra Thailand, genom den Malaysiska halvön, omfattar Singapore, och över den indonesiska övärlden i södra Filippinerna. De är mest aktiva i Indonesien, Malaysia, Thailand och södra öarna i Filippinerna, där de hävdar att de heliga krig mot agenter "Västerländska imperialism", och andra som motstå deras rörelse.

För närvarande leds av imamen Abu Bakar Bashir, JI tros vara tack för oktober, 2002 bombattentaten på Bali, Marriott bombningarna i augusti 2003, och en misslyckad tomt till bomb U.S. och israeliska ambassader och brittiska och australiska diplomatiska byggnader i Singapore i December 2001.