EBM integrerar kunskaper om ekologiska sambanden att hantera effekter inom ett ekosystem. Effektivt genomförande av EBM bör: (1) överväga ekologiska processer som verkar både inom och utanför ekosystemet gränser (2) erkänner betydelsen av arter och habitat mångfald, och (3) ta mänskliga användningsområden och tillhörande förmåner inom ramen för bevarande krav.