Förekomsten av variationen i längden på DNA fragment som produceras efter klyvning med en typ II begränsning endonuclease. Skillnader i DNA-längder är närvaron eller frånvaron av erkännande industriområden för att särskilt restriktionsenzym. RFLPs ursprungligen upptäcktes med hjälp av hybridisering med DNA-sonder efter separation av uppdelade arvsmassans DNA med gelelektrofores (södra analys). Nu de upptäcks vanligen genom elektrofores av uppdelade PCR-produkten.