Процедури для визначення послідовності нуклеотидів ДНК фрагмент. Існує два поширені методи для цього:

• Maxam і Гілберт техніка (хімічних деградації), який використовує різних хімічних речовин, щоб розірвати ДНК в фрагментів на конкретні базах; або

• Сенгер техніка (називається ді deoxy або припинення ланцюг методу) використовує ДНК полімераза зробити новий ланцюжків ДНК, з нуклеотидів ді deoxy (ланцюг термінаторів), щоб зупинити ланцюг, випадковим чином, як вона росте.

В обох випадках фрагменти ДНК розділені по довжині polyacrylamide гелевого електрофорезу, дозволяючи послідовність читання безпосередньо з гелю.