Процес рекомбінації, який вставляє малі молекули ДНК (зазвичай за Гомологічна рекомбінація) в однієї великої. Якщо молекул кругової, інтеграції включає в себе тільки одну crossing-over; якщо лінійних, потім два переходи over обов'язкові для заповнення. A відомим прикладом є інтеграція фага λ (лямбда) ДНК в на e. coli геном.