內切酶的識別特定的基序列內創建的雙鏈 DNA 螺旋，打破的 DNA。

注： 第一類的限制酶將綁定到這些識別網站，但隨後在不同網站切割 DNA。II 型限制性內切酶綁定和削減其識別或目標網站內。